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Die Gene für die Erkennung der Pflanzenzellen und die Anheftung an diese befinden sich dagegen im bakteriellen Genom. Diese phosphoryliert und aktiviert das VirG-Protein. VirG ist ein Responseregulatorund zwar ein Aktivator der anderen vir-Gene, deren Transkriptionsrate hiermit um ein Vielfaches ansteigt. Zu den nun transkribierten Genen gehören virD, virE und virB.

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Seitdem wurde das Verfahren mehrfach optimiert. Die Agrobakterien -vermittelte Transformation ist eine der am häufigsten verwendeten Methoden, um neue Gene in Pflanzenzellen zu transportieren und stabil in deren Genom einzubauen. Sie wird inzwischen bei vielen Kulturarten angewandt.